Ce véritable génocide a conduit à la mort probablement des dizaines de milliers d'homosexuels. Les historiens ont le devoir de rompre le silence dont a été entourée cette persécution.

La recherche de la Shoah est complexe et difficile, mais, en ce qui concerne la persécution des homosexuels, les problèmes de méthodologie sont encore plus nombreux. Les données sont fragmentées et peu fiables, quand elles n'ont pas disparu. Les fichiers ont été perdus ou détruits, et ceux qui ont survécu sont les plus souvent incomplets. Même après la guerre " homosexuel " était un mot tabou ; les articles 175 et 175a de loi nazie de 1935, qui était une révision d'une loi allemande bien plus ancienne interdisant les actes de nature homosexuelle, restèrent en vigueur jusqu'en juin 1969, quand une bonne partie de l'article 175 et tout l'article 175a furent supprimés. Les homosexuels, hommes ou femmes, furent donc stigmatisés jusqu'à une date récente. A la différence des Juifs ou des autres victimes, ils ne purent prétendre à une quelconque réparation (Wiedergutmachung), dans la mesure où les tribunaux d'Allemagne de l'Ouest, considérant que les homosexuels étaient des hors-la-loi, jugèrent qu'ils n'y avaient pas droit. En outre, selon les lois d'après-guerre relatives aux génocides, l'élimination des homosexuels ne fut pas retenue comme un crime contre l'humanité ni comme crime de guerre. De plus, les homosexuels qui souhaitaient émigrer après la Seconde Guerre mondiale devaient dissimuler leur identité sexuelle, de nombreux pays, dont les Etats-Unis, leur interdisant de séjourner sur leur sol, ne fût-ce que pour une visite touristique. Toutes ces raisons font qu'il est difficile de trouver ou d'interviewer des rescapés homosexuels de la Shoah. Le fait que certains historiens soient homophobes a aussi contribué à ce que cette question soit le plus souvent passée sous silence.

A la fin de l'année 1944, les premiers camps sont libérés par les Alliés. L'extrême confusion qui règne alors en Europe et l'amalgame fait autour du phénomène concentrationnaire laissent présager des difficultés auxquelles les déportés homosexuels vont être confrontés pour faire admettre leur statut de victimes du nazisme. Pour beaucoup d'entre eux, en effet, le retour à la liberté s'accompagne d'une autocensure justifiée par une législation hostile toujours en vigueur (parfois héritée des régimes totalitaires tout juste défunts, comme en France) et la difficulté sociale, familiale ou professionnelle de divulguer le motif exact de leur déportation.

Après la guerre, la très grande majorité des déportés homosexuels est disparue dans l'anonymat. L'absence de reconnaissance officielle de cette déportation spécifique, l'absence jusque dans les années soixante-dix d'un militantisme homosexuel constitué, le silence des intellectuels et le peu d'intérêt des chercheurs et des historiens pour une question "qui n'existe pas" ont longtemps occulté une réalité qui s'est peu à peu estompée dans la mémoire collective.

La mémoire sur cette discrimination n'a été exhumée qu'il y a peu, essentiellement par des historiens, des associations homosexuelles qui ont impulsé une dynamique de la mémoire, en collaboration avec des chercheurs et des historiens, notamment américains. Ces associations homosexuelles ont militées pour que cette déportation spécifique soit reconnue dans les cérémonies de commémoration, ce qui est loin d'être le cas en raison des réticences de certaines associations de déportés et d'anciens combattants et des autorités. 

Cependant, il convient de remarquer que dans certains pays, notamment en Allemagne, aux Pays-Bas, et en Italie, des plaques commémorant la persécution des homosexuels par les nazis ont été apposées dans des camps de concentration ou dans des villes : Berlin, Amsterdam, Bologne, Sachsenhausen, Mauthausen. 

En ce qui concerne la France, il y aura peut-etre une plaque commémorative au Camp de Natzweiler-Struthof.

Les persécutions nazies à l'égard des homosexuels se sont déroulées dans un contexte de durcissement général des régimes totalitaires et autoritaires sur les " déviances morales ". Ainsi, en 1934, Staline a fait adopter des dispositions pénales prévoyant l'emprisonnement et la déportation des homosexuels. D'après des données incomplètes, de l'ordre de 300 000 à 400 000 personnes ont été condamnées sur la base de ces dispositions (qui n'ont été abrogées qu'à la fin des années 1980). Dans les pays de tradition stalinienne, la persécution des homosexuels a été systématique. C'est encore le cas aujourd'hui à Cuba. En Espagne, le régime franquiste avait adopté la loi sur la dangerosité sociale qui permettait l'emprisonnement des homosexuels. En Italie, Mussolini mit en place une politique comparable, en poursuivant les homosexuels comme opposants politiques, mais en refusant d'établir une incrimination anti-homosexuelle comme lui avait demandé Hitler. Les responsables fascistes homosexuels ont seulement été contraints à démissionner.